从HPV感染人皮肤粘膜后到尖锐湿疣损害出现需要一段时间，将这段时间称为尖锐湿疣潜伏期。尖锐湿疣潜伏期的长短因人而异，有些人的潜伏期短，有些人的潜伏期则较长。据调查尖锐湿疣的潜伏期为3周到8个月，平均2.8个月。大多数临床观察报道尖锐湿疣潜伏期一般为3个月左右，潜伏期最短者3-4周，潜伏期最长者8-12个月左右。有学者认为产期感染HPV的婴儿到2岁都不可能有外生殖器疣的表现，但有57％的患儿在2岁时诊断为喉乳头瘤。作者曾见到1例男性尖锐湿疣患者之女性性伴在与其性交后2周阴道口长出尖锐湿疣损害，作者病例中的另一例男性患者是在与女性尖锐湿疣患者性交接触1年半后才发病。此外，在作者的尖锐湿疣病例中能明确尖锐湿疣发病潜伏期的有476例，其中男性243例，女性233例。在男性中，潜伏期1个月者8例，2个月者58例，3个月者68例，4个月者69例，5个月者12例，6个月者17例，7个月者8例，12个月者2例，1年3个月者1例；在女性中，潜伏期1个月者24例，2个月者62例，3个月者65例，4个月者49例，5个月者15例，6个月者8例，7个月者3例，8个月者2例，9个月者1例，10个月者1例，11个月者2例，12个月者1例。从作者上述调查结果进一步证实尖锐湿疣潜伏期多在2个月，占73.38％。上述结果还表明潜伏期在男女性间有差异，如女性潜伏期多较短，男性潜伏期较女性增长。作者还观察到男女性尖锐湿疣潜伏期与患者局部环境有明显关系，如局部卫生差、潮湿、分泌物多者尖锐湿疣潜伏期短，反之则潜伏期略长。