功能性囊肿、皮状囊肿、浆液状囊肿和粘液状囊肿通常没有什么症状。万一囊肿变大，就可能使患者的下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。囊肿也可能挤压膀胱导致频尿或排尿困难。囊肿甚至有可能演变成并发症、感染、变得扭曲、出血或爆裂。这些症状都可能引发反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛，必须即刻动手术把囊肿切除。这类囊肿偶尔也会癌变。除了感觉食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，卵巢癌早期通常没有任何症状。后期则会有腹部与四肢水肿的现象。子宫内膜炎囊肿和以上类别的卵巢囊肿不同，通常是有症兆的。
